一般性税务处理
股权收购只是被收购企业股东之间的股权所有者变换，其所涉及的纳税事项，主要是股权转让是否有所得，是否需要缴纳企业所得税。
如果股权被收购后，股权转让发生所得，则个人股东需要缴纳个人所得税(上市股权除外)，企业股东需要缴纳企业所得税，如果有股权损失则可按照规定在税前扣除。
财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)第四条第三项规定，企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：被收购方应确认股权、资产转让所得或损失;收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定;被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
以上税务处理被称为一般性税务处理。
【例】如果A单位持有甲企业100%的股权，计税基础是200万元，公允价为500万元。乙企业收购A单位的全部股权，价款为500万元。
那么，A单位的股东股权转让增值额就是300万元，需要缴纳企业所得税75万元。乙企业收购甲企业股权的计税基础就是500万元。
特殊性税务处理
股东转让股权需要缴纳所得税，但是有一种情况可以暂时不用纳税，即股权置换，也可以称之为股权支付。就是说，收购股权方支付给转让方的对价不是货币性资产，而是本单位的股权或控股公司的股权。
需要强调的是，股权置换暂不征税需要符合一定的条件。财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)第六条第二项规定，股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定;收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定;收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
按上【例】如果A单位持有甲企业100%的股权，计税基础是200万元，公允价为500万元。乙企业收购A单位的全部股权(转让股权超过了75%)，价款为500万元。
支付乙企业股权为500万元(即A单位将甲企业股权置换成乙企业股权)，股权支付比例达100%(超过了85%)。那么，股权增值的300万元可以暂时不纳税。
因为不纳税，所以A单位取得乙企业新股的计税基础仍是原计税基础200万元，不是500万元。乙企业取得甲企业股权的计税基础，是以自己置换股权的成本500万元作为计税基础的。
以上股权收购重组被称为特殊性税务处理，在对其进行特殊性税务处理时，应同时符合以下条件：
1、具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的;
2、被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合上述规定的比例;
3、企业重组后，连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动;
4、重组交易对价中涉及股权支付金额符合上述规定的比例;
5、企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内不得转让其所取得的股权。
非股权支付额不免税
股权收购中只要股权支付额超过全部支付额的85%，股权支付部分就可以选择暂时不缴企业所得税，但是非股权支付额不能享受这一规定。
如上例，假如乙企业收购A单位全部股权，股权支付额为450万元，非股权支付额为50万元。则其中与50万元相对应的股权要视同销售，这部分利润要缴纳企业所得税。
财税[2009]59号文件第六条第六项规定，重组交易各方对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
其计算公式为：
非股权支付对应的资产转让所得或损失=(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)
按上例，乙企业支付股权为450万元，支付非股权为50万元。A单位转让全部100%股权，比例超过了75%.股权支付占全部支付额比例为90%(450/500×100%)，超过了85%，符合特殊性税务处理的条件，则450万元股权对应的增值不必纳税。
但50万元的非股权支付要视同销售确认所得缴纳企业所得税。A单位股权计税基础为200万元，取得对价支付了500万元，增值200万元。
其中，与50万元非股权支付相对应的部分为20万元(50/500×200)，需要缴纳企业所得税5万元(20×25%)，而与450万元股权支付相对应的增值额为180万元(450/500×200)，不需要缴税。
同时，A单位取得乙企业新股权450万元的计税基础不是450万元，而是以被收购股权的计税基础计算确定，新股权的计税基础为：200-5020=170(万元)。
乙企业收购甲企业股权支付的对价历史成本是500万元，因此，其对甲企业股权投资的计税基础是500万元。
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