一、事业单位结余的会计核算
事业单位的结余按资金用途不同分为经常性收支结余和专项资金收支结余。经常性收支结余按资金获得渠道不同又分为事业结余和经营结余。
(一)事业结余的核算“事业结余”科目核算事业单位在一定期间除经营收支以外各项经常收支相抵后的余额。贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数。
本科目平时一般不核算，只在期末(一般在年末)转账时，将“财政补助收入”、“上级补助收入”、“附属单位缴款”、“事业收入”、“其他收入”等科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：财政补助收入
上级补助收入
附属单位缴款
事业收入
其他收入
贷：事业结余
将“拨出经费”、“事业支出”、“上缴上级支出”、“销售税金”(非经营业务)、“对附属单位补助”、“结转自筹基建”等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：事业结余
贷：拨出经费
事业支出
上缴上级支出
销售税金(非经营业务)
对附属单位补助
结转自筹基建
本科目贷方余额为当期实现的结余，借方余额为当期需要弥补的差额。年度终了，单位应将当年实现的结余全数转入“结余分配”科目，结转后，本科目无余额。
(二)经营结余的核算“经营结余”科目核算事业单位在一定期间各项经营收入与其相对应支出相抵后的余额。贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数和结转结余分配数。
本科目平时一般不核算，只在期末(一般在年末)转账时，将“经营收入”科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：经营收入
贷：经营结余
将“经营支出”、“销售税金”(经营业务)等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：经营结余
贷：经营支出
销售税金(经营业务)
本科目贷方余额为实现的经营结余，借方余额为经营亏损。年度终了，单位应将实现的经营结余全数转入“结余分配”科目，结转后本科目无余额。
需要注意的是：如出现经营亏损，“经营结余”科目借方余额不能结转到“结余分配”科目，只能挂在“经营结余”科目，需用以后年度的经营收益来弥补。
(三)专项结余的核算专项结余是专项资金收支相抵后的余额，事业单位的专项结余分已完工项目专项结余和未完工项目专项结余。
事业单位的未完工项目专项结余，结转下年继续使用，无需进行会计处理;事业单位的已完工项目专项结余，报经同级财政部门或项目财务主管部门审批后，分三种情况处理：一是给项目组的物质奖励要增列专款支出;二是留给单位的直接转入事业基金;三是收缴财政部门或项目主管单位的冲抵拨入专款。
事业单位的已完工项目专项结余不在年末集中进行转账，而是在专项项目完工并结清收支后，根据财务管理的要求以书面材料向同级财政部门或项目财务主管部门报批后进行转账。
(1)核销支出核算：
属本单位直接实施的专项项目，会计分录为：
借：拨入专款
贷：专款支出
由所属单位实施的专项项目，会计分录为：
借：拨入专款
贷：拨出专款
(2)项目结余的核算：
经相关部门审核批准，对项目组有突出贡献人员给予物质奖励，其奖励支出要增加专款支出额度，会计分录为：
借：专款支出
贷：现金(银行存款)
经相关部门审核批准留给单位，会计分录为：
借：拨入专款
贷：事业基金——般基金
经相关部门审核批准上缴原拨款单位，会计分录为：
借：拨人专款
贷：银行存款
二、事业单位结余分配的会计核算
事业单位当年实现的结余，按规定可进行分配。事业单位应设置“结余分配”科目，下设“应交所得税”和“提取专用基金”等明细科目，核算当年结余分配情况。
被限定用途的结余，应按限定用途转入相应的基金账户，未被限定用途的结余转入事业基金。根据规定事业单位专项结余不参与结余分配。
(一)结余转入结余分配年度终了，将“事业结余”和“经营结余”科目的余额转入“结余分配”科目，会计分录如下：
借：事业结余
经营结余
贷：结余分配——未分配结余——事业结余
结余分配——未分配结余——经营结余
(二)结余进行分配事业单位当年实现的结余(不含专项结余)，应当按下列程序进行分配：一是有所得税缴纳业务的事业单位计算应交所得税;二是按核定比例提取职工福利基金。
会计分录如下：
(1)根据税法规定，属应纳税所得，按规定的税率计算缴纳应交所得税。
计提时，
借：结余分配——应交所得税
贷：应交税金——应交所得税
解交时，
借：应交税金——应交所得税
贷：银行存款
(2)按财政部门核定的比例提取职工福利基金。
借：结余分配一提取职工福利基金
贷：专用基金——职工福利基金
(三)未分配结余转作事业基金在事业单位的资金运动过程中，事业基金起的是“蓄水池”的作用，用来调节年度之间的收支平衡，因此，按提取职工福利基金后的余额全部转作事业基金。
如果收入大于支出，则继续转增事业基金，如果支出大于收入，则用以前年度的事业基金弥补其差额。在确定年初预算时，如支出安排出现缺口，也可以直接安排一部分事业基金用于弥补差额。
进行上述分配后，对于当年未分配结余，应全数转入“事业基金——般基金”科目，年终结账后，该科目应无余额。会计分录为：
借：结余分配——提取事业基金
贷：事业基金——般基金
如单位当年“事业结余”出现负结余，则“结余分配”科目出现借方余额，经批准后可用事业基金弥补。会计分录为：
借：事业基金——般基金
贷：结余分配——未分配结余一事业结余
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