一、会计科目所用不同
在处理同一经济业务时，事业单位和企业所做的会计分录形式相同、借贷方向相同，但因不同制度所规定的会计科目名称不同而将有关内容分别记入不同的账户。
如借款的核算，企业是按期限长短分别记入“短期借款”或“长期借款”科目，而事业单位则不分长期或短期借款，一概记入“借入款项”科目。
二、账务处理存在差异
由于不同的单位在从事生产经营、内部成本核算、业务活动的性质等方面存在差异，其账务处理也是不相同的。
1、因是否从事产品生产而导致的差异。这类差异应分两种情况：一是从事产品生产的事业单位和不从事产品生产的事业单位由于在账务处理上存在差别，要区别对待。
二是对同样从事产品生产的事业单位与企业在账务处理上也有差异，也要区别对待。以材料采购业务为例，企业的做法分一般纳税人和小规模纳税人两种，前者在购入时采用不含税进价，以区分进项税额;后者则采用含税进价。
会计分录为：
(1)一般纳税人企业：
借：材料采购
应交税金———应交增值税(进项税额)
贷：银行存款
(2)小规模纳税人企业：
借：材料采购
贷：银行存款
事业单位在该项业务上的会计处理不仅要区分一般纳税人与小规模纳税人，还要针对自用或非自用作不同的处理。一般纳税人事业单位购入非自用材料采用不含税进价核算，一般纳税人购入自用材料、小规模纳税人购入自用材料和非自用材料采用含税进价核算。
会计分录为：
(1)一般纳税人事业单位购入非自用材料：
借：材料
应交税金———应交增值税(进项税额)
贷：银行存款
(2)其余情况：
借：材料
贷：银行存款
2、因是否实行内部成本核算而导致的差异。众所周知，企业每期都必须对产品成本进行核算，并和当期的收入相配比，以最终确定经营利润。
而事业单位则分以下情形：实行成本核算的事业单位在发生领用材料等支出时，记入“成本费用”账户，不实行成本核算的事业单位在发生同类支出时，则记入“事业支出”等账户。
同时，以此为开端，还会发生一系列的结转，该结转过程如下：
(1)企业单位：“材料”→“生产成本”→“产成品”→“产品销售成本”→“本年利润”→“利润分配———未分配利润”。
(2)事业单位
①实行成本核算的：“材料”→“成本费用”→“产成品”→[“经营支出”→“经营结余”、“事业支出”→“事业结余”]→“结余分配———未分配结余”。
②不实行成本核算的：“材料”→“事业支出”→“事业结余”→“结余分配———未分配结余”。
3、因事业单位业务活动的可分性而导致的差异。由于事业单位的活动根据其是否属于专业业务活动或辅助活动可划分为事业活动和经营活动两种。
相应地，事业单位有关业务活动的收入和支出也包含了事业收入、事业支出、经营收入、经营支出等。这部分内容的核算，是事业单位会计制度和企业会计制度的一大区别。
以支出的核算为例，如支付行政部门办公用品费用，企业的做法为：
借：管理费用
贷：银行存款
而事业单位则作为专业业务活动支出：
借：事业支出
贷：银行存款
又如：结转已销产品成本，企业的做法为：
借：产品销售成本
贷：产成品
而事业单位则作为专业业务活动之外的支出处理：
借：经营支出
贷：产成品
三、同一业务处理核算不同
这类差异一般多出现于有关基金的核算方面。以购入短期有价证券为例，企业的做法：
借：短期投资
贷：银行存款
事业单位的做法：
借：对外投资
贷：银行存款
同时，
借：事业基金———一般基金
贷：事业基金———投资基金
同为有价证券购入业务，企业只需用增加短期投资，减少银行存款一笔会计分录就可以表示清楚，而事业单位则因为对外投资引起事业基金内部结构发生增减变化，必须通过两步分录予以反映。
又如，购买固定资产，企业的做法：
借：固定资产
贷：银行存款
而事业单位的做法：
借：事业支出等科目
贷：银行存款
同时，
借：固定资产
贷：固定基金
同一笔业务，事业单位和企业相比，既要反映支出的增加，又要反映固定资产和固定基金同时增加。因此，其账务处理相对复杂一些。
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