1998年实行新预算会计制度后，把事业单位会计同行政单位会计区分开来，建立了单独的《事业单位会计准则》和事业单位分行业的会计制度，这是预算会计法规建设上的一个突破。
事业单位的体制决定了它的会计核算方式不同于企业单位，又与行政机关有相当大的区别。另外，事业单位会计人员业务素质较低，缺乏对违法违纪行为的辨别能力，在执行会计制度、法规的过程中很容易出现偏差和错误，从而造成不应有的损失。
随着财政改革不断深入，虽然建立一部分较为完善的管理制度，但我国现行事业单位会计管理上存在许多问题，这些问题的存在，直接影响事业单位的改革和发展，事业单位财务管理中存在问题，值得我们认真研究和解决。
一、事业单位财务内部控制主要存在的问题：
1.财务内部控制制度不健全，财务监控力度不够
一些事业单位由于内部控制制度不健全，已发生了不该发生的事：公款私存、公款炒股、挪用公款以及为了谋取个人或小团体利益而不择手段，弄虚作假、篡改账目或搞账外账，隐匿或偷盗钱财物资等，如果在事后审计中发现，往往是损失已成为事实，挽回的可能性极小或根本无法挽回，财务管理已失去了应有的控制作用。
在对外投资方面，由于对外部环境和复杂经济业务的变化缺乏预见性和风险控制，盲目投资和错误投资造成投资失误带来巨大的经济损失，财务管理未能起到事前预测和控制作用，导致其管理滞后。
2.预算管理不完善，预算编制缺乏科学性和严肃性
预算管理是事业单位财务管理的中心环节，但在事业经费预算中往往因为预算编制内容不全面、预算收支范围过于狭窄、所依据的政策和数据不准确等。
在资金使用上往往事先无计划，缺乏统筹安排，各项支出存在较大的盲目性，不能将有限资金用在刀刃上，因而导致资金使用不高。
另外，在实际工作中财务预算常常被随意调整的现象，这严重影响了财务预算的严肃性和稳定性。执行结果不考核，导致预算没有约束性。
3.风险意识比较淡漠
货币资金贯穿于事业单位经济活动的全部过程，货币资金流动性强的特点决定其是高风险资产，极易被侵占、贪污、挪用;资本性支出缺乏企业化的风险和效益意识，盲目扩大资本购置等等，给事业单位货币资金带来风险。
二、事业单位固定资产管理中存在的主要问题
1.固定资产购置过程中的管理和约束机制不健全
固定资产购置缺乏前瞻性，规避政府集中采购和违规采购现象时有发生，由于当前政府采购管理制度尚不完备，导致人为因素过多，影响采购客观性和经济效益性。
对固定资产采购的经济效益认识不足，忽视客观需要、财力状况，没有按照合理、节约、有效的原则购置固定资产。不严格执行政府集中采购制度，一些单位采取“化整为零”分解采购规模，刻意规避政府采购现象等。
2.对固定资产缺乏规范的保管和使用制度
由于事业单位对国有固定资产管理的重视度不够，存在职能交叉、分工不明。对固定资产变动缺乏详细记录和严格的实物管理。
对购置固定资产验收和登记制度不健全，资产的领用、保管无健全的台账或记录，管理不规范，手续不完备。对固定资产没有实行定期清查盘点制度，财产物资清查形同虚设，致使账面资产与实际资产不相符，资产损毁、盘亏后，难以查明原因，追究责任。
3.固定资产处置不规范
有些单位在固定资产转让、处置、赠送、变卖等活动中，没有按规定向主管部门或同级财政、国有资产管理部门报告，没有履行相关审批手续，也没有进行严格的资产评估工作，私自处置国有资产，造成国有资产的流失。
4.固定资产的会计核算和会计处理方面存在漏洞
首先，固定资产的确认和初始计量不及时、不规范，导致账物脱节。有些单位不严格执行制度规定，对应作为固定资产入账的固定资产不登记入账，如有些单位在采购一些已达到固定资产价值标准的专控商品时，采取虚开采购发票，修改采购物品种类的方式，将本应在固定资产账上登记的资产进行费用化或私有化，虚减固定资产;购入固定资产实际发生的运杂、保险、安装等费用不计入固定资产初始价值。
其次固定资产后续计量很难保证固定资产到期的更新。按现行会计制度规定：事业单位固定资产核算只核算原值，单位以计提修购基金的方式代替折旧，但实践中，部分单位为了减少工作量，不按规定提取修购基金，而且修购基金按照事业收入和经营收入的一定比例提取，与固定资产的原值和使用年限不存在配比性。
第三，固定资产处置时计录和披露不全，弱化会计监督职能。有些单位在固定资产处置和报废时对应据实入账的固定资产处置收入不做任何账务处理和披露。
另外，由于平时核算不反映损耗，所以对处置资产的真实账面价值缺乏会计资料作为参考和监督，造成会计数据失真。
三、事业单位专项资金管理中存在的主要问题
1.专项资金分配不科学、缺乏整体规划
首先，在专项资金的分配上，没有一个科学、合理的定额标准和操作尺度，预算编制中的基数加增长的办法仍然存在，甚至有的只是将专项资金进行“切块”分配，使得专项资金预算编制
时主观性强，随意性大，虽然有一定的分配基础，但与实际需要存在一定的差距，造成单位之间严重苦乐不均。其次专项资金包揽过多，财政供给范围和标准不规范。
2.预算资金支出进度与事业开展进度、项目进程难以保持一致。
首先，事业单位对财务人员的重视程度普遍不高，多数单位财务人员在专项资金的管理中只是承担了会计核算和资金支付等简单的服务性工作，对具体的业务和决策了解的并不多，使财务人员对各活动的事前和事中的辅助控制作用没有体现出来。
其次，现有许多专项资金的管理部门并不是资金的使用部门，其专项资金往往由上级单位申请之后，便根据业务需要拨付倒下级单位，上级单位无论是账务核算上还是资金管理上都不能真正地反映资金使用状况，而下级单位又不能及时将这些反馈给上级单位，由于信息交流不畅，致使项目实施过程哪些地方急需资金，需要多少资金，很多单位都不能及时跟踪掌握，容易造成资金拨付与项目进度不一致，人为造成上级单位专项资金滞留，而下级单位等待资金的局面，导致项目资金跟不上项目进度展，影响了项目的顺利进行。
3.挪用专项资金、私设小金库的现象时有发生
首先，专项资金的支出没有有效的控制和监督手段。各项费用基本上是实报实销，经办人员没有控制意识，这在预算不够细化的情况下就很可能导致“合法浪费”的现象。
同时财政监督力度小，自机构改革后就没有专门监督检查部门，外部监督体系又没有形成，使得事业单位挪用专项资金比较容易，而且没有后顾之忧。
例如，事业经费超支，期末红字挂账，挤占专项资金;预算内经费超支，年终冲转专项拨款;以发展事业为由，获取上级专项拨款，用于弥补正常经费不足。
有些单位还存在公款私存或私设小金库等情况。
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