工程竣工结算与工期索赔两者有着密切的关系，在进行工程竣工结算时应该考虑工期延误和索赔(包括发包方的反索赔)问题;同时，工期索赔也必然要在发承包方进行工程竣工结算时提出并一并解决。
因为，当发包方对承包方报送的竣工结算报告经审核得出双方均认可的结算结论意见后(体现的载体方式很多，或称之为工程结算单(表)，或称之为工程结算审定单(表)，等等)，该结算意见将作为双方进行工程价款最终清洁的依据，工程竣工结算工作的结束也就意味着除工程质量保修条款依然存续外，双方施工合同关系即告终结，所有的经济责任清洁。
工期索赔本身就是以双方签订的施工合同为依据，工期索赔自应在合同履行及有效期内。如果发承包方在进行工程竣工结算时，机械地将结算工作与工期索赔工作割裂开来，避而不谈工期索赔，此种工程竣工结算本身就是不完整的。
如果允许发包方在达成结算意见后另行再主张工期索赔问题，既是对先前决算工作的变相否定，又是极不科学的，公平和效率更无从谈起。
并且，如果发包方可以在工程竣工结算后，以再提工期反索赔的方式肆意反抗、吞并所欠付的工程结算款，承包方的利益不但没有保证，而且承包方可能会因反诉而倒给发包方赔款，这在建筑业今天本已经存在发承包方地位极不平等的现状下，更加重了承包方弱势地位的态势。
鉴于实践中，发包方多以工期延误为由提出高额违约金要求，以对抗、吞并承包方提起的拖欠工程款的诉请，司法裁决的结论也不尽统一，有必要理顺工程竣工结算与工期反索赔的关系，明确工程竣工结算的范围，明确合同发包方主张工期反索赔的途径和时间，以定分止争，这在现在全国上下加大工程款拖欠工作的背景下，更显其重要性。
工期索赔是双向的，包含承包方的工期索赔和发包方的工期反索赔。我国现阶段建筑施工领域普遍适用建设部颁发的99示范合同文本，该文本通用条款在布局上，将违约和索赔并列：因承包方过错导致的工期延误属于承包方的违约事项，而因发包方过错导致的的工期延误则属于承包方索赔的事项。
承包方的工期索赔有严格的程序和时效要求;而发包方的工期反索赔则属于合同违约事项，发包方似乎可以在工程竣工验收后的两年诉讼时效内提出，工程竣工结算似乎只是对工程造价本身的审核认定，不包括工期违约责任的清算。
这样，发包方可以在签署工程竣工结算文件后，在已然认可拖欠承包方工程款的前提下，任意提出工期延误违约金赔偿的主张，以吞并欠付的承包方的工程款。
难道工期违约索赔不应该包含在先前的工程竣工结算中吗?难道承包方千辛万苦所得到的发包方签署的工程竣工结算单是一张空头支票吗?笔者曾经代理过多起类似的案件，发承包方已经形成工程竣工结算一致意见，甚至发包方已经向承包方出具了还款承诺，但是当承包方以拖欠工程款起诉发包方后，发包方即提出反诉，要求承包方支付巨额工期延误违约金。
法院受理的发包方的反诉，并普遍认定发承包方先前均认可的工程竣工结算单不包含有工期延误违约金的清算。由于工期延误的原因很多，主要责任往往在于发包方，但是承包方苦于证据的不完善(发包方也不可能自己认可工期延误是自己的原因，实践中，双方对此敏感问题在进行工程竣工结算中往往都避而不谈)而导致极大的被动。
本来，发包方提起工期延误反诉也往往是出出于混淆是非，故意拖延诉讼的目的，但是我们的法院或仲裁机构则作为一项很严格的事情来审理，事实上，通过长时间的审理，发包方工期延误反诉一般都得不到支持，确属承包方过错严重延误工期是极个别的。
上述纠纷不仅是对我们现有有限的审判资源的浪费，也是对恶意工期反诉的纵容，故有必要从源头上制止这种纠纷的产生。
正常的工期反索赔是应该得到支持，关键是以何种方式主张工期反索赔。工期反索赔应该在双方进行工程竣工结算时一并协商解决，而不应该在竣工结算已经得到双方共同认可之后发生，除非行使撤销权，撤销先前认可的竣工结算。
我们可以借鉴FADIC合同条件的做法，它规定工程竣工结算范围包含两大方面的内容：工程量清单内的事项和工程量清单外的事项，它将发包方关于工程工期违约纳入工程量清单外结算事项，从而在双方进行工程竣工结算时一并协商解决，形成一个双方清洁工程款的最终结算意见。
显然，FADIC合同条件的上述做法是科学的，该合同条件经过了实践的检验和论证，是当今公认的较科学、完整、便于操作的示范合同文本。
笔者建议，应该通过判例、司法解释或者法律，明确规定工期反索赔必须在工程竣工结算时提出，纳入工程价款结算审核的范围，由合同双方协商解决，一旦形成双方均认可的结算意见后，即作为双方最终清洁工程价款的依据，除质量保修条款外，施工合同即告终止，双方的此项合同关系、经济关系终结。
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《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》第一条 为规范建筑工程施工发包与承包活动中违法行为的认定、查处和管理，保证工程质量和施工安全，有效遏制发包与承包活动中的违法行为，维护建筑市场秩序和建筑工程主要参与方的合法权益，根据《中华人民共和国建筑法》《中华人民共和国招标投标法》《中华人民共和国合同法》《建设工程质量管理条例》《建设工程安全生产管理条例》《中华人民共和国招标投标法实施条例》等
根据《建设工程验收办法》的规定：竣工报告是建筑工程单位在工程完成以后，向工程建设单位提交的材料；工程竣工验收报告是工程建设单位向建设工程的行政主管部门提交的材料；二者的区别在于：第一、报送的主体不同；第二、报送的目的不同；第三、报送的要求不同；第四、报送结果不同；第五、报送的条件不同；
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