《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第八条明确，总机构应将本期企业应纳所得税额的50%部分，在每月或季度终了后15日内就地申报预缴。
总机构应将本期企业应纳所得税额的另外50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构;各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。
分支机构未按税款分配数额预缴所得税造成少缴税款的，主管税务机关应按照《征收管理法》的有关规定对其处罚，并将处罚结果通知总机构所在地主管税务机关。
风险二：未按规定报送分支机构所得税分配表，主管税务机关予以处罚
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第十二条要求，分支机构未按规定报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表，分支机构所在地主管税务机关应责成该分支机构在申报期内报送，同时提请总机构所在地主管税务机关督促总机构按照规定提供上述分配表;分支机构在申报期内不提供的，由分支机构所在地主管税务机关对分支机构按照《征收管理法》的有关规定予以处罚;属于总机构未向分支机构提供分配表的，分支机构所在地主管税务机关还应提请总机构所在地主管税务机关对总机构按照《征收管理法》的有关规定予以处罚。
风险三：不能分开核算营业收入、职工薪酬和资产总额的，不得计算分摊、缴纳税款
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第十六条规定，总机构设立具有主体生产经营职能的部门，且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税;该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
风险四：历史遗留税务瑕疵，面临稽查补税、罚款、缴纳滞纳金
通过瞒报数据、弄虚作假来逃避缴纳税款的企业，首先应对自己近年来的账目进行一次全面清理，对存在的问题展开严格自查，必要的时候还应该聘请税务中介机构进行“健康体检”，如果需要补缴税款的，应及时补缴税款，以免税务机关在加大管理力度后，将“陈年旧账”翻出。
届时，如果企业被查出曾经偷逃税款，不仅要补税，还可能需要缴纳滞纳金和罚款。
风险五：汇总纳税技术处理复杂，可能增加相关成本费用
由于税法和会计制度存在一定差异(新会计准则颁布实施后，差异愈加明显)，加之各地区税务机关在理解及执行政策尺度、口径上可能存在一定的差异，汇总纳税企业在开展汇算清缴工作时会有一定难度。
此外，汇总纳税在技术处理上比较复杂，需要辅之以先进的内部监控审核手段，对所有涉税流程进行严格规范，对企业的实际纳税操作提出了更高的要求，有可能增加相关成本。
汇总(合并)纳税在技术处理上比较复杂，需要辅之以先进的内部监控审核手段，建立严格的内部控制制度，并对所有的涉税流程都进行了严格的规范，在岗位设置、清缴手段、责任追究等方面都应有制度性的规定。
风险六：税收分配方式的特殊性质，容易出现人为调节税收收入
由于税收分配方式的特殊性，跨地区经营汇总纳税企业存在诸多风险。现行税收分配体制实行汇总纳税企业当期应缴纳的企业所得税，50%在总机构所在地申报缴纳，剩余的50%在各分支机构之间进行分配。
这样使总机构的税收分配比例过高，一些分支机构所在地政府想办法和总机构争夺税收收入，要求企业以独立纳税企业身份经营，不允许以分支机构身份经营。
同时，总机构以各分支机构的营业收入、职工薪酬、资产总额为基础，对其税收收入进行分配，三因素的权重分别为0.35、0.35和0.30。
这样，总机构控制税收收入的权力过大，容易出现人为调节税收收入的风险。
风险七：国税地税征管方式不一致，极易发生重复纳税问题
当前，在国、地税共管企业所得税体制下，由于企业所得税与其他税种的共生关系，以及国、地税户籍数据没有实时共享，缺乏相互协调和配合，税源管理手段薄弱，导致企业所得税征管出现风险。
汇总纳税企业往往跨地区经营，分支机构分布广泛。应当特别注意由于由于国、地税两部门对企业所得税政策理解程度不一致、执法力度不相同、人员素质有差异、征管措施有区别等原因导致的纳税重复。
风险八：缺乏法定汇总依据，加大纳税申报难度
跨地区经营汇总纳税将原有“所得税申报表逐级汇总”方式，改变为总公司“全公司的会计数据汇总计算”。由于所得税税前扣除的管理、纳税调增调减事项处理的复杂性，总机构无法仅凭全公司的会计数据汇总计算所得税，有的总机构在汇总会计数据的基础上，向各分支机构下发企业自行编制的纳税调整事项表格，用以汇总调整事项金额;有的总机构汇总会计数据后统一进行纳税调整;更多的总机构延续原来的办法，依然要求各级分支机构填报所得税申报表再逐级汇总到总机构。
这不仅给汇总纳税企业总部的税收管理带来了前所未有的压力，同时由于没有法定的汇总依据，多样性的汇总方式导致企业的纳税风险难以估量。
现行汇总纳税方式，由于缺乏法定汇总依据，导致了一定的税收风险。企业所得税汇总纳税的主体是总机构，但需要分支机构的配合才能完成。
在具体汇总方式上五花八门，不仅给汇总纳税企业总部的税收管理带来压力，同时由于缺乏法定汇总依据，多样性的汇总方式导致汇总纳税风险难以估量。
风险九：施行预缴申报分摊税款计算,分支机构难以享受税收优惠
目前企业计算分支机构分摊税款的方法主要依照国税函[2009]221号文件进行计算，现行的计算方法主要在总分机构之间进行了两次分摊计算：总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发[2008]28号第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算出企业的应纳所得税额。
然后再按照国税发[2008]28号第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。
该办法主要是为解决总分支机构适用不同税率时企业所得税款计算和缴纳问题，但在进行第一次分摊时，将应纳税所得额的50%分摊给总机构依据总机构的税率计算出税款的处理，会使分支机构不能完全到享受低税率的优惠政策(总机构所在地一般都在城市发达地区，享受25%的税率)，在西部和沿海地区分支机构较多的企业集团受此政策的影响较大。
例如中国**股份有限公司由于该计算方法的变化，导致2009年分支机构未享受低税率优惠而多缴纳约2亿元的税款。这样将导致国家为鼓励西部地区和沿海地区的经济发展而出台的西部大开发地区税收优惠政策、沿海地区优惠政策不能充分发挥其效能。
风险十：股权比例发生变化，当年不得享受合并纳税待遇
对成员企业的条件限制过严。只有母公司对其资产控股比例达到100%的子公司才能参加合并纳税，而且一旦股权比例发生变化，在发生变化的当年就要退出合并纳税，这种严格的限定不利于合并纳税政策的执行。
随着我国企业改革的深入，股份制已经成为发展趋势，新成立的企业多采用股份制形式。此外，许多原来母公司100%控股的企业也改组为股份制企业，符合合并纳税条件的企业越来越少，这使合并纳税政策对于企业集团而言失去了应有的意义。
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