一、关于适用增值税简易征收政策项目的票据开具问题。文件分别不同情况作了不同的规定：
1、不得开具增值税专用发票的情况。财税[2008]170号文和财税[2009]9号文下发后，对于纳税人销售自己使用过的固定资产和旧货适用按简易办法征收增值税时能否开具增值税专用发票，纳税人一直有疑问。
国税函[2009]90号文第一条对此作了明确：一般纳税人销售自己使用过的固定资产，凡根据财税[2008]170号文和财税[2009]9号文适用按简易办法依4%征收率减半征收增值税政策的，应开具普通发票，不得开具增值税专用发票;小规模纳税人销售自己使用过的固定资产，也应开具普通发票，不得由税务机关代开增值税专用发票。
文件第二条同时明确，纳税人销售旧货，应开具普通发票，不得自行开具或者由税务机关代开增值税专用发票。
实际上，在此文下发之前，纳税人根据财税[2002]29号文《关于旧货和旧机动车增值税政策的通知》销售旧货按4%征收率减半征收增值税时，也是不能开具增值税专用发票的。
在目前的开票系统中，对于按简易办法征收增值税的固定资产，也是无法开具增值税专用发票的。国税函[2009]90号文只是对此问题作了进一步明确。
2、可以开具增值税专用发票的情况。根据国税函[2009]90号文第三条，一般纳税人销售货物适用财税[2009]9号文件第二条第(三)项、第(四)项和第三条规定的，可自行开具增值税专用发票。
根据财税[2009]9号文件第二条第(三)项，一般纳税人销售六种情况下的自产货物，可选择按照简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税，且在选择简易办法计算缴纳增值税后，36个月内不得变更;第二条第(四)项则规定了属于一般纳税人的寄售商店、典当业、经国务院或国务院授权机关批准的免税商店等销售所列举的特定货物，暂按简易办法依照4%征收率计算缴纳增值税;第三条则规定，属于一般纳税人的自来水公司销售自来水按简易办法依照6%征收率征收增值税。
上述按简易办法征收增值税的行为都不得抵扣进项税额，但购买方购买上述货物由于能够取得增值税专用发票，因此可以据以抵扣进项税额。
二、关于销售额和应纳税额的确定。文件根据纳税人的不同身份，分别明确其适用增值税简易征收政策时销售额和应纳税额的确定：
1、一般纳税人销售自己使用过的物品和旧货适用按简易办法依4%征收率减半征收增值税政策时，销售额=含税销售额/(1+4%)，应纳税额=销售额×4%/2
在此文之前，对这个问题一直有争议。有的认为一般纳税人销售自己使用过的物品和旧货适用按简易办法依4%征收率减半征收增值税政策时，销售额=含税销售额/(1+2%，应纳税额=销售额×2/%，有的认为销售额还是含税销售额/(1+4%)，但认为应纳税额=销售额×4%，同时再确定减免税额为销售额×4%/2，并将其计入“补贴收入”。
实际上，无论按照以前的财税[2002]29号文，还是按照财税[2008]170号文和财税[2009]9号文，一般纳税人销售自己使用过的物品和旧货适用按简易办法征收增值税政策时，销售额和应纳税额的确定都应该与国税函[2009]90号文的这一规定相同。
一方面，按4%征收率减半征收增值税和直接按2%的征收率征收增值税的结果显然是不同的，另一方面，无论《企业会计制度》还是《企业会计准则第16号——政府补助》，对直接减征、免征税款都不能作为政府补助。
文件的这一规定，进一步明确了对这一问题的处理。
2、小规模纳税人销售自己使用过的固定资产和旧货时，销售额=含税销售额/(1+3%)，应纳税额=销售额×2%。
在2009年之前，根据财税[2002]29号文，小规模纳税人销售已使用固定资产与一般纳税人的处理原则是一样的，其销售额和应纳税额的确定也与一般纳税人相同。
财税[2009]9号文规定，除其他个人外的小规模纳税人销售自己使用过的固定资产，一律减按2%征收率征收增值税。2%的征收率是增值税转型后才出现的一个新的征收率，且目前也仅适用于小规模纳税人销售自己使用过的固定资产和旧货。
在此文这前，对于小规模纳税人销售自己使用过的固定资产如何确定销售额和应纳税额也是有争议的。有的认为不含税销售额应等于含税销售额/(1+2%)。
由于增值税转型后，小规模纳税人的征收率统一为3%，因此，以小规模纳税人适用的征收率将含税销售额转换为不含税销售额应该是更合适的。
需要注意的是，对于小规模纳税人销售旧货按照上述公式，与财税[2009]号文的规定是不一致的。根据财税[2009]9号文，“纳税人销售旧货，按照简易办法依照4%征收率减半征收增值税。”
财税[2009]9号文同时适用于一般纳税人和小规模纳税人，因此其关于销售旧货的规定也适用于小规模纳税人。两个文件关于小规模纳税人销售旧货的政策显然不同，这一问题也是有待于进一步明确的。
三、关于小规模纳税人销售自己使用过的固定资产和旧货的纳税申报。
国税函[2008]1075号文《关于调整增值税纳税申报有关事项的通知》第二条第(二)项曾规定，《小规模纳税人申报表》第4、5栏不再填写，其对应的填表说明一并取消。
《小规模纳税人申报表》第4栏是“销售使用过的应税固定资产不含税销售额”，第5栏则是“其中税控器开具的普通发票不含销售额”。
国税函[2008]1075号出台之前，对于小规模纳税人销售自己使用过的固定资产如何征收增值税一直有争议，多数意见认为应继续执行财税[2002]29号文按4%征收率减半征收增值税，但是国税函[2008]1075号又取消了《小规模纳税人申报表》第4、5栏，于是又有意见认为小规模纳税人销售自己使用过的固定资产应该是免税的。
此后，财税[2009]9号文对此问题才有明确规定，即除其他个人外，小规模纳税人销售自己使用过的固定资产一律减按2%征收率征收增值税。
这样，国税函[2008]1075号取消《小规模纳税人申报表》第4、5栏的填写就显然不合适了。因此，国税函[2009]90号文第六条规定，国税函[2008]1075号文第二条第(二)项规定同时废止。
并在第五条明确，小规模纳税人销售自己使用过的固定资产和旧货，其不含税销售额填写在《增值税纳税申报表(适用于小规模纳税人)》第4栏，其利用税控器具开具的普通发票不含税销售额填写在第5栏。
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