一、新老政策区别
老政策：《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》(国税发[2003]45号)规定，企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准缴纳的补充养老保险、补充医疗保险，可以在税前扣除。
企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准补缴的基本或补充养老、医疗和失业保险，可在补缴当期直接扣除;金额较大的，主管税务机关可要求企业在不低于三年的期间内分期均匀扣除。
新政策：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》中规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。
《关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》(财税[2009]27号)规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。
新老政策的区别主要有：一是支付的对象不同。老政策规定支付补充养老保险费和补充医疗保险费的对象是全体雇员，新政策规定的对象为投资者或者职工。
二是规定支付标准的权限主体不同。老政策规定按国务院或省级人民政府规定的比例或标准，新政策规定为按国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准，将省级人民政府规定的权限废除，避免全国各地执行标准不一致，改按由国务院财政、税务主管部门统一规定的范围和标准执行。
二、案例分析
某工业有限公司，2008年为职工支付的工资薪金支出总额为100万元，均系合理的工资薪金支出。为职工支付补充养老费8万元，支付补充医疗保险费6万元。
按规定，该单位在计算应纳税所得额时允许税前扣除的补充养老保险费和补充医疗保险费限额均为100×5%=5(万元)。
因此，应调增应纳税所得额(8-5)+(6-5)=4(万元)。
三、注意事项
新政策有几点值点明确：一是财税[2009]27号中规定的“工资总额”的口径如何掌握的问题。企业所得税法及实施条例中没有“工资总额”的一词，而是“工资薪金总额”，因此，文件中的“工资总额”应该理解为与企业所得税法及实施条例中中的“工资薪金总额”等同。
按照《国家税务总局关于〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表〉的补充通知》(国税函[2008]1081号)的规定，计算职工福利费支出、职工教育经费支出、工会经费支出所用的“工资薪金总额”的概念均是附表三第22行“工资薪金支出”第2列“税收金额”，而这里的“税收金额”是指纳税人按照税收规定允许税前扣除的工资薪金，而不是实际列支的金额。
(具体可参照《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函[2009]3号)的规定)。二是该文件的执行时间带来的问题。
财税[2009]27号要求从2008年1月1日执行，而该文件的发文日期是6月2日，已过汇算清缴期，纳税人无法在汇算清缴时执行，只能在汇算清缴期过后再按规定重新计算2008年度税款，如果涉及补税，是否要加收滞纳金?《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金，因此，应该可以理解为不要加收滞纳金。
但是值得一提的是，新政策仍有一些未尽事项有待进一步明确：一是新文件仅对支付给职工的补充养老保险费和补充医疗保险费的标准作了规定，对所得税法实施条例中规定的国务院财政、税务主管部门规定的支付补充养老保险费和补充医疗保险费范围是什么未作规定。
二是新文件仅对支付给职工的补充养老保险费和补充医疗保险费作了规定，而所对得税法实施条例中规定的企业为投资者支付的补充养老保险费、补充医疗保险费又该如何扣除未作规定。
更完善的相关规定还有待税务机关在今后进一步的明确。
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企业的下列收入为免税收入：（一）国债利息收入；（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；（三）在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；（四）符合条件的非营利组织的收入。法律依据：《企业所得税法》 企业的下列收入为免税收入： （一）国债利息收入； （二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益； （三）在中国境
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企业从事下列项目的所得，减半征收企业所得税：1．花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；2．海水养殖、内陆养殖。企业从事国家限制和禁止发展的项目，不得享受本条规定的企业所得税优惠。企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税。风险提示：企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：1．蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；2．农作物新品种的选育；3．中药材的
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